Die Kühlung, konkret die Innenkühlung, ist beim Gewindefräsen von zentraler Bedeutung. Die kurzen Späne müssen durch das Kühlschmiermedium aus dem Arbeitsbereich herausgespült werden. Die anfallenden Späne könnten sonst die Oberfläche des Gewindes beeinträchtigen oder gar zu Ausbrüchen am Werkzeug führen.
Bei der Innenkühlung wird das Kühlschmiermedium direkt an die Werkzeugschneide befördert und bildet dort eine Schmierschicht zwischen dem Werkzeug und dem Werkstück. In der Folge verringert sich die Reibung und somit die Temperatur im Zerspanungsprozess. Die Späne werden durch den Druck direkt aus der Bohrung befördert.
Bei der Außenkühlung wird das Kühlschmiermittel nicht immer optimal an die Werkzeugspitze transportiert. Vor allem bei tiefen Gewinden erreicht die Außenkühlung das Werkzeug nur bedingt und die Späne werden nicht optimal heraus gespült.